Nun, es ist ein großer Unterschied, ob du fragst, welches Spiel generell das bessere ist oder welches Spiel das bessere speziell für die Wii ist.
Skyward Sword wurde für die Wii entwickelt, Twilight Princess nicht. Twilight Princess wurde für den GameCube entwickelt und die Wii-Version ist nur ein Port. Skyward Sword schöpft die Wii und das Konzept der Bewegungssteuerung wesentlich besser aus. Es ist ohne Frage das bessere Spiel für die Wii.
Aber ist es auch das bessere Zelda-Spiel? Ich find, beide Spiele haben ähnliche Schwachpunkte, wie die hohe Linearität oder die Masse an Cutscenes, und nehmen sich dadurch eigentlich nicht so viel. Im Endeffekt läuft es darauf hinaus, welchen Stil man bevorzugt, wo die meisten eben den realistischeren und düsteren Stil von Twilight Princess bevorzugen, aber nicht alle.
Bei den Dungeons muss ich noch erwähnen, dass Twilight Princess mehr und von der Aufmachung her wesentlich bessere und abwechslungsreichere Dungeons zu bieten hat. Das ist ein großer Pluspunkt gegenüber SS. Dafür hat Skyward Sword mit dem Wolkenhort ein sehr solides NPC-Dorf, was in Twilight Princess völlig auf der Strecke blieb (Stadt voller interaktionsloser Leute).
Wenn ich alles zusammenfassen würde, nehmen sich die Spiele im Endeffekt nicht viel, sondern tümpeln beide irgendwo im mittleren Bereich meiner Zelda-Rangliste herum... xD