An sich ist deine Theorie eine Überlegung wert. Wobei mir Verwandlungen immernoch schwer im Magen liegen. Aber es wär ziemlich interessant.
Aber so wie ich das lese meinst du nur einzelne Flügel ohne komplett ein Vogel zu sein. Das könnte ich mir sehr gut vorstellen. Selbst wenn es eine Art Apparat ist und die Urvölker vom späteren Hyrule dachten es wäre eine Art fliegende Gottheit und ernannten sie kurzerhand zum Beschützer ihres Volkes und somit zum Wappentier.
Aber darüber könnte man stundenlang spekulieren ;D
Zusatz:
Mir ist spontan zu dem Kapitel noch was eingefallen: Nämlich die Orni. Die weisen ähnliche Merkmale auf, in Bezug Flügel bekommen. Eventuell hat das extra Kapitel in Ocarina of Time, das Zeitalter der Orni angekündigt, da laut Timeline WW ja nach OoT kam.