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Junglöwe Ryan ist deprimiert, dass sein Gebrüll noch immer nicht so imposant klingt wie die Stimme seines Vaters. Mittlerweile ist er das Gespött des ganzen New Yorker Zoos. Obwohl sein Vater Samson versucht, ihn mit seinen Abenteuern aus der Wildnis zu animieren, schafft Ryan nichts als ein leises Krächzen hervorzubringen. Da Ryan glaubt, sein Vater habe das Brüllen in der Wildnis gelernt, beschließt er nach einem Streit mit seinem Vater wegzulaufen und sich in einem grünen Frachtcontainer zu verstecken. Noch bevor Ryan es sich anders überlegt hat, wird der Container verschlossen und abtransportiert.
Als Samson Ryans Hilferufe bemerkt, ist es zu spät. Sogleich bricht er zusammen mit dem Eichhörnchen Benny, dem Koala Nigel, der Giraffe Bridget sowie der Anakonda Larry aus dem Zoo aus, um Ryan zu retten. Sie begeben sich zum New Yorker Hafen und müssen zusehen, dass Ryan unfreiwillig auf ein riesiges Containerschiff verladen wird. Kurzerhand übernehmen Samson und seine Freunde die Kontrolle über ein im Hafen liegendes kleineres Schiff und verfolgen mit Hilfe von Fluggänsen Ryans Spur.
Sie stranden am Ufer des afrikanischen Kontinents und machen bei der Suche nach Ryan die Entdeckung, das die Container einer großen Rettungsaktion dienen, um die Tiere der Wildnis vor einem kurz bevorstehenden Vulkanausbruch zu beschützen. Samson folgt seinem verängstigten Sohn in das Dickicht des Dschungels, verliert jedoch seine Spur. Als er gegenüber seinen Freunden zugibt, dass er nicht in der Wildnis aufwuchs, sondern bei einem Zirkus, trennen sich die Wege der Freunde. Wenig später wird der Rest der Gruppe von wilden Gnus unter der Führung des bösen Kazar gefangen genommen. Die Gnus halten Nigel für ihren Gott, da vor langer Zeit ein Stoffkoala - aus einem Flughzeug - vom Himmel fiel und Kazar aus einer gefährlichen Situation bei der Konfrontation mit mehreren Junglöwen rettete. Seitdem predigt Kazar den Glauben, dass durch das Verspeisen eines Löwen die Nahrungskette umgekehrt werden kann, wobei das Gnu zum Jäger aufsteigen sowie der Löwe zur Beute degradiert wird.
Samson hat mittlerweile Ryan gefunden, gesteht ihm seine wahre Herkunft und muss hilflos miterleben, wie auch sein Sohn von den Gnus gefangen genommen und zum Vulkan gebracht wird, wo er von den Gnus gefressen werden soll. Mit der Hilfe einiger Chamäleons, die die Gabe haben, ihn bis zur Unsichtbarkeit zu tarnen, gelingt es Samson, sich in die Höhle der Gnus zu schleichen und seine Freunde zu befreien. Doch Samson selbst gerät in einen Kampf mit Kazar, den er zu verlieren scheint. Das beherzte Eingreifen Ryans bringt seinen Sohn in Lebensgefahr und setzt bei Samson letzte Kräfte frei, mit denen er Kazar zunächst zurückschlagen kann. Doch die Herde der Gnus scheint übermächtig. Zur Überraschung aller schlägt sie sich auf die Seite Samsons, denn die Rettung seines Sohnes hat sie tief beeindruckt. Auch sind sie die Diktatur Kazars überdrüssig und wollen nicht mehr länger so tun, als wären sie nicht das, was sie der Natur nach nunmal sind - Beutetiere. Kazar will in einem finalen Kampf die Löwen töten und wird durch das die Höhle zum Bersten bringende Gebrüll Samsons endgültig besiegt. Kurz bevor der Vulkan ausbricht können die New Yorker Zoobewohner mit der Gnu-Herde gemeinsam auf dem kleinen Schiff von der Insel fliehen.