Das ist in der Tat eine schwere Frage. Generell sind meine Lieblingsitems ja immer der Heroen-Bogen und der Bumerang (neben dem Masterschwert natürlich :E) aber die kommen ja standartmäßig in so ziemlich jedem Zelda-Teil vor.
Einfach weil es mit dem Bogen unheimlich viel Spaß macht, Gegner weg zu snipern und es mir jedes Mal einen Endorphin-Schub verpasst, wenn ich Gegner in relativ großer Entfernung mit dem ersten Schuss treffe (und am besten dabei noch onehitte. :D). Während der Bumerang einfach mega praktisch ist, weil man mit ihm ganz einfach Gegner betäuben kann. (Das Gesicht, das sie dabei ziehen... xD)
Aber mein liebstes "Wind-Waker-exklusives" Item ist der Greifhaken (nicht der Enterhaken!). An sich ist er im Kampf ein recht nutzloses Item, man kann halt Gegnern ihre Beute klauen. Aber an sich ist das ziemlich praktisch, vor allem, wenn man es in Kombination mit anderen Items gegen bestimmte Gegner verwendet.
Beispiel 1: Killeranas. Von denen bekommt man ja leider nichts, nachdem man sie besiegt. Aber mit dem Greifhaken kann man ihnen vorher einfach die Goldfeder abnehmen und dann mit einem Pfeil abschießen.
Oder besseres Beispiel 2: Moblins. Erst mit dem Greifhaken die Schädelkette abnehmen, sich ob des dämlichen Gesichts, das sie dabei ziehen, kaputtlachen, dann mit dem Bumerang betäuben und mit dem Schwert draufhauen. Ganz einfach. :D