Ich bin ebenfalls der Ansicht, dass es sich beim Hylia-Tempel und der Zitadelle der Zeit um ein und den selben Ort handelt, nur in anderer Gestalt, da natürlich Umbauten vorgenommen werden mussten, ABER (!) ich denke nicht, dass es einen Unterschied zwischen der Zitadelle aus OoT und der aus TP gibt. Designtechnische Unterschiede mal außen vor gelassen.
Wieso ich das so sehe? Nun, der Raum, in dem das Masterschwert "gelagert" wird hat in jedem Spiel, in dem man es zieht, die selbe Form (ich nenn sie jetzt mal "rund"). Man könnte nun zwar sagen, die Zitadelle aus OoT sei nur ein Nachbau, aber wieso sich die Mühe machen und das Masterschwert in eine andere Zitadelle schaffen und hier ebenfalls ein Zeitportal und einen Zugang ins Heilige Reich schaffen?
Hier komm ich zum nächsten Punkt: Alle 3 Gebäude lassen dich durch die Zeit reisen, ein Nachbau wäre dazu sicherlich nicht in der Lage und ein viel zu großer Aufwand, zudem haben die Zitadellen aus OoT und TP Zugriff zum Heiligen Reich, in OoT wird aber gesagt, dies sei der einzige Zugang. Ebenfalls wird davon gesprochen, dass der Lichttempel im Heiligen Reich liegt. In OoT betritt man diesen nur in Zwischensequenzen nach der Rettung eines Weisen, in TP erkundet man ihn großzügig, die Halle der Weisen ist allerdings nicht zugänglich, was aber auch daran liegen kann, dass nie die Notwendigkeit bestand sie zu erschaffen (ja, ich denke Rauru erschuf sie nach Ganondorfs Eindringen in das HR).
Der nächste Punkt wäre wohl die geographische Lage und hier bin ich ein Anhänger der Theorie, dass Hyrule-Stadt nach Norden gewandert ist und der Wald gen Westen expandierte. Ich fang aber erst einmal bei Link an.
Dieser schafft es vermutlich zurück nach Hyrule zu kommen und heiratet Malon. Die LonLon-Farm expandiert und ein kleines Dorf entsteht.
Irgendwann kommt es zum Krieg (warum auch immer) und da Link ein Ritter Hyrules ist, zieht er in die Schlacht und fällt (bekanntermaßen ist der Kriegergeist, welcher euch in TP die okkulten Künste beibringt, der Held der Zeit). Hyrule-Stadt erleidet irreparable Schäden und wird verlassen, sämtliche Bewohner wandern gen Norden und erbauen dort eine neue Stadt. Zu Zeiten von TP ist diese immer noch im Aufbau, zu sehen an all den Gerüsten (manch einem ist auch vllt. sogar die Abwesenheit einer Zitadelle aufgefallen. Wieso hätte man sie einfach so einreißen sollen, wenn sie doch Aufbewahrungsort des heiligen Schwertes ist?). Wie viel Zeit tatsächlich zwischen OoT und TP liegt, weiß ich nicht, ich schätze aber nicht mehr als 2 oder 3 Jahrhunderte. Da die verlorenen Wälder nunmal magisch sind, konnten sie sich nun schneller ausbreiten und umschlossen das kleine Dorf Ordon, welches sich um die ehemalige LonLon-Farm gebildet hatte und auch die Zitadelle der Zeit wurde dahingerafft, nur das magische Tor konnte nicht zerstört werden. Unter Umständen wollte der Wald sogar das Schwert schützen, denn ein Hindurchkommen ist für die meisten unmöglich.
Kleinere georgraphische Ungenauigkeiten wie der kleine See bei Ordon oder die Berge müssen wohl oder übel verschmerzt werden, vllt. wanderte Ordon aber auch selber einfach nur nach Süden, aber wie hier auch oft gesagt wird: Jedes Zelda hat einen anderen Erzähler. Und wie es mit mündlichen Überlieferungen nunmal so ist: Es kommt zu Ungereimtheiten!
Des Weiteren halte ich den Baum, in dem sich der Waldtempel befindet, für die Überreste des Dekubaumes, welcher sich vermutlich aus dem großen Baum in der Mitte des SS-Phirone-Waldes entwickelte. Ich vermute nämlich, dass der Spross nach der Hinrichtung Ganondorfs nicht wuchs, sondern einging. Die Kokiri, welche nun auf sich allein gestellt waren, flüchteten entweder aus dem Wald (Aghate/Aghata whatever, ihr wisst wen ich meine) oder wurden zu den Affen (man bedenke, dass die Affen das Termina-Äquivalent zu den Kokiri sind). Bestärkt wird meine Vermutung hier vom Kokiri-Symbol auf den Türen des Tempels und der Tatsache, dass sie bereit sind Link zu helfen und sich im Tempel bestens auskennen.
Nun zum letzten Punkt, dem Hylia-Tempel. Wo würdet ihr, als frisch im Erdland angekommene Siedler, eure Siedlung errichten? Vermutlich da, wo ihr euch am sichersten fühlt, in diesem Fall um den Tempel und die Hylia-Statue herum. Genug Holz zum Häuserbau, das Schwert wird bewacht und man kann jederzeit Hylia worshippen. Über die Jahrhunderte hinweg verschwand die Hylia-Statue (Kriege? Reformationen?) und der Tempel wurde umgebaut und zum Zugang zum HR, die Siedlung wurde zur Stadt, Erdland zum Königreich Hyrule und der Wald wurde nach Osten hin eingekürzt, wo dann aus den Kyu entweder die Deku oder die Kokiri wurden, welche dann unter den Schutz des Dekubaumes gestellt wurden (Schutz vor dem Volk der Hylianer?).
Dass die Entfernung vom Tempel zum Baum im Spiel so kurz ist, wird darauf zurückzuführen sein, dass ein so aberwitzig großer Wald, der vermutlich hunderte Quadratkilometer umfasst, in einem Spiel einfach unmöglich maßstabsgetreu wiederzugeben ist.
Nebenbei erwähnt denke ich auch, dass die Lichtung in den Lost Woods in ALttP, auf welcher ihr das Masterschwert erhaltet, auch einst die Zitadelle der Zeit war. Geographisch stimmt hier sowieso nichts mit OoT überein, da braucht man also nicht zu suchen.
Ich denke, dass die Zitadelle während des Siegelkrieges zerstört wurde, um das Portal ins Goldene Land zu zerstören und Ganon dort gefangen zu halten. Das Schwert wurde nach Ende des Krieges wieder im Sockel platziert und diente vermutlich als endgültiges Siegel. Da Hyrule ebenfalls zerstört wurde, musste es neu erbaut werden, wieder woandern, und so konnten die Wälder wieder expandieren und das Geheimnis des Schwertes sicher verwahren.
Soweit meine Ansicht dazu. Sollte ich was vergessen haben (mein Hirn steht heute etwas auf Durchzug), werd ichs nachtragen.
Vllt. schreib ich morgen noch was zu den Verbindungen zwischen der Dodongo-Höhle und den Goronenminen und dem Wassertempel und dem Lakebed-Temple.