Ich glaube das Thema mit der Hymne der Zeit kann man sehr weit ausdehnen. Aus Ocarina of Time weiß man, dass die Hymne der Zeit mit der Okarina der Zeit ein sehr wertvolles Lied ist, auch um das Zeitportal zu öffnen. Durch verschiedene Modifikationen konnte man auch herausfinden, dass wenn man bspw. einen Zeitblock mit der Hymne verschwinden lässt, dieser in Wahrheit durch die Zeit reist. Am Ende von Ocarina of Time hat Zelda Link mit der Okarina und Hymne der Zeit zurück in die Vergangenheit geschickt, das heißt also, dass man mit diesem Lied eine Zeitreise erlebt. Gleichzeitig bleibt die Gegenwart bestehen.
In Majora's Mask kann man mit dem Lied den drei-Tages-Zyklus immer wieder von Neuem starten. Das heißt aber auch gleichzeitig aus dem Wissen von Okarina of Time, dass dadurch immer wieder eine neue Vergangenheit gestartet wird, immer zu dem Zeitpunkt, wenn man das erste Mal Unruh-Stadt betritt. Die Gegenwart, aus der Link entflieht müsste also theoretisch immer unter gehen und würde dann keine Rolle merh spielen. Da Termina und der Mond sogesehen keinen Einfluss auf Hyrule oder andere Königreiche hat, führt der Absturz des Mondes auch nicht zu größeren Auswirkungen. Link wandelt also immer wieder durch die Zeit und nimmt dabei alles mit, was er bei sich hat. Es vergeht also theoretisch keine Zeit, wenn Link in der Zeit reist, deshalb ist es auch irgendwie seltsam, dass man aus der Sicht des Maskenhändlers, nach dem man mit ihm gesprochen hat, ihn wenige Sekunden danach wieder anspricht und die Okarina der Zeit hat.
Also würde ich sagen, dass immer beim Spielen der Hymne der Zeit, Link zum Anfang seiner Reise in Unruh-Stadt gebracht wird, aber alles was davor geschah, wie z.b. die Begegnung mit dem Maskenhändler oder die Geschehnisse in den Lost Woods bereits geschehen sind. Am Ende von OoT als junger Link sieht man ja auch, wie Link direkt zu Zelda geht, um ihr von den Ereignissen zu berichten. Die offizielle Timeline würde dann also erst weiter gehen, wenn Link Termina gerettet hat und alle anderen Zeiten, wo Link entflieht und der Mond herab stürzt keine weitere Relevanz mehr haben