Dass ALttP chronologisch nach OoT steht, weiss ich schon, aber es ist vor OoT produziert worden und erschienen. Es ist also gut möglich, dass von den Shiekah da noch gar nichts geplant war. Irgendwo habe ich auch mal gehört, dass ALttP ursprünglich der letzte Teil werden sollte. Dass es zu Zeit von ALttP noch Shiekah gegeben hat, bezweifle ich. Zwar wäre es durchaus möglich, dass in OoT (wie in unserem RPG) noch im Verborgenen Shiekah gelebt haben. Aber dann wäre es sehr unwahrscheinlich, dass sie bis in ALttP überlebt haben. Dieser Teil spielt in meiner Vorstellung nochmal lange nach TP.
Über die Verbindung von Vaati zu den shiekah habe ich mir auch schonmal Gedanken gemacht. Allerdings wünscht er sich in den Ereignissen direkt vor MC, ein Dämon mit göttlichen, dunklen Kräften zu sein. Das mit dem göttlich konnte ihm die Mütze der Wünsche nicht erfüllen, wohl aber könnte sie die dunklen Kräfte mit den Shiekah in Zusammenhang gebracht haben, da ihnen ja der Gebrauch dunkler Magie nachgesagt wird. Um die Götterkräfte zu erhalten, hat er sich dann ja Zelda geschnappt, wurde allerdings aufgehalten. Nach seiner zweiten Niederlage trifft er dann irgendwann auf Ganon, der ihm dann vermutlich ähnliche Versprechungen macht, wie Zanto in TP.
Ich habe FSA zwar nicht gespielt, kenne aber das Ende. Von daher würde ich sagen, dass Vaati und Ganon quasi eine Zweckgemeinschaft eingegangen sind. Mit Agahnim hat Vaati also glaube eher nichts zu tun. Vaati ist ein abtrünniger Minish, der seine Menschlichkeit gegen Macht eingetauscht hat, während Agahnim die Überreste von Ganons Menschlichkeit darstellt. Mit dessen Vernichtung geht es damit auch mit Ganons menschlicher Gestalt als Ganondorf zu Ende.
Vaati hat damit herzlich wenig zu tun. Er verfolgt ähnliche Ziele wie Ganon, geht diese aber anders an.