Ein interessantes Thema! Jetzt kann ich wieder einmal meine Lieblingsargumentation hervorholen. 
Zunächst kurz meine Position zu einer deiner grundsätzlichen Fragen: Meinem Verständnis nach existiert das Master-Schwert mehrmals, nämlich in jeder der drei Zeitlinien nach OoT. Das zeigen die Zelda-Spiele und gestatten wenigstens in dem Punkt keine großen Zweifel. Und das trifft nicht allein auf das Master-Schwert zu: Sogar vom Triforce gibt es mehrere, obwohl gerade das als Relikt der Götter einzigartig sein sollte.
Ein Widerspruch oder eine Lücke in der Lore muss das alles nicht zwangsläufig sein. Das hängt davon ab, welcher Interpretation der Spiele man folgt. Wenn man alles wörtlich nimmt, stößt man bei Erklärungsversuchen schnell auf Unstimmigkeiten. Auch bei den beliebten Multiversum-Theorien können sich - zumindest aus meiner Sicht - leicht Schwierigkeiten ergeben, wenn man etwas Spezielles logisch ableiten will.
Um sich gegen diese Problematik zu wappnen, hat Nintendo sowieso ein unschlagbares Argument, das bereits im Titel steckt: Es handelt sich bei den Zelda-Spielen um Legenden. Das greift unter anderem Hyrule Historia bei der Vorstellung des Konzepts der Zeitlinien auf. Dort ist beschrieben, es sind allesamt Legenden, die erzählt und weitergegeben werden, sodass sie zwar Wahrheit enthalten, sich aber im Verlauf der Tradierung wandeln und nicht mehr jedes Detail in dieser Form zutreffen muss. Dadurch kann sich Nintendo Freiheiten bei der Entwicklung herausnehmen, ohne sich zu sorgen, irgendeine Kohärenz zu stören.
Das heißt, die offizielle Zeitlinie gibt Aufschluss über die zeitliche Abfolge der Spiele und Ereignisse - nicht mehr und nicht weniger. Sie erlaubt nur bedingt, unmittelbare, umfassende Zusammenhänge zwischen Elementen in den verschiedenen Spielen herzustellen, weil sie als Teil von Legenden nicht komplett greifbar werden.
Trotzdem muss das nichts Schlechtes sein. Ich persönliche stelle hier zum Beispiel gern die Parallele zur mittelhochdeutschen Heldenepik her, in der derselbe Stoff in zahlreichen unterschiedlichen Bearbeitungen vorliegen kann, und obwohl sie meist durch eine übergreifende Geschichte verbunden sind, finden sich Widersprüche bis hin zu konträren Verläufen.
Konkret auf deine Fragestellung zum Master-Schwert in TWW bezogen bedeutet das: Gemäß der Darstellung in OoT scheint das Master-Schwert mit Link aus der Adult Timeline (ich habe gerade keine deutsche Ausgabe von Hyrule Historia zur Hand und kann die offizielle Übersetzung nicht nachschlagen) verschwunden zu sein. Diese Darstellung in OoT ist jedoch nicht absolut. Sonst gäbe es nämlich genauso wenig die Fallen Hero Timeline. Schließlich thematisiert OoT keinen Sieg von Ganondorf - außer, man zählt ein Game-Over als das. Wie das Master-Schwert in der Adult Timeline geblieben ist, ist der eigenen Fantasie überlassen, da das Spiel - diese Variante der Legende - es nicht verrät. Aus späteren Spielen - Legenden - geht nur hervor, dass es nicht fort ist.
Ähnliches gilt für den Ortswechsel von der Zitadelle der Zeit nach Schloss Hyrule. Weil der Zugang zum Heiligen Reich in der Adult Timeline nach OoT durch das Siegel der Sieben Weisen geschützt ist, haben der Zeitenfels und das Master-Schwert die Funktion dahingehend nicht mehr. In TWW steht es nun in einem Gewölbe, das dem Andenken an die Sieben Weisen und den Helden der Zeit gewidmet ist. Meine Theorie ist, dass die Königliche Familie von Hyrule ein solches wichtiges Artefakt einfach näher bei sich hat haben wollen - zu dessen Schutz und zum Wahren der Erinnerung an die Legende darüber.
