Melde mich hier auch mal zu Wort!
Zuerst muss man anmerken, dass große Teile des Brunnens in der frühen Entwicklung des Spiels als Kanalisationssystem von Hyrulestadt angedacht, durch welches man Zugang zum Schloss erhalten sollte, was ja noch gut an den vielen Ablussrinnen und Ausflüssen an der Wand zu erkennen ist. Und auch der Schattentempel war wohl eine Art Torschlussreaktion. Was mich zu dieser Annahme bewegt? Das Schatten-Mediallon und die Nokturne des Schattens stehen jeweils an hinterster Stelle in den Listen, wurden also nachträglich eingefügt (wobei das hier eigentlich eine üble Schlamperei seitens Nintendo ist) und auch wirkt der Schattentempel eher wie Flickwerk: eine Mischung aus den Überbleibseln des Windtempels und des Brunnens. Wahrscheinlich ist der Schattentempel Ersatz für den gecancelten Lichttempel, wobei das auch wieder in Frage gestellt werden kann, da es ja nunmal sieben Weise (aus jedem Volk einer und Zelda als Oberhaupt) sein mussten und man somit einen Shiekah-bezogenen Tempel brauchte.
Will man nun aber eine wirkliche kulturelle und historische Erklärung, muss man sich Kakariko als Ganzes ansehen: es ist ein Totendorf und steht auf völlig durchwässerten Boden. Es werden sicher schon einige das Loch in der Mitte des Dorfplatzes gefunden haben, in welchen zwei Redeads in einem Raum, von dessen Wänd das Wasser nur so hinabströmt, auf Link warten.
Kakariko wurde nicht, wie oft irrtümlicherweise angenommen, von Impa erbaut, sondern nur für Flüchtlinge geöffnet und erweitert. Vorher diente es vermutlich als Siedlung der Shiekah. Unterstützend ist hier auch die Geschichte des alten Mannes, welcher vom Auge der Wahrheit und seinem Ursprung erzählt (Haus über dem Brunnen, etc.). Das Auge der Wahrheit ist ganz offensichtlich ein Shiekah-Artefakt, ergo wird auch sein Erschaffer ein Shiekah gewesen sein.
Nun stellt sich die Frage, wohin all die Shiekah verschwunden sind. Die Antwort ist dabei natürlich recht offensichtlich: die meisten sind im Großen Krieg gefallen. Das verwaiste Dorf wurde daraufhin von Impa den heimat- und mittellosen zur Verfügung gestellt.
Der Schattentempel:
Dieser ist zum einen Folterkerker, in welchen die Shiekah Gefangene brachten, um ihnen Informationen zu entreißen, zum anderen aber auch Massengrab und Zugang zum Reich der Toten. Das Massengrab erklärt sich von selbst, der Zugang zum Reich der Toten ist da etwas tricky. Zum einen wartet direkt zu Beginn in der ersten Kammer mit dem großen Schädel das "Tal der Toten", eben jener Abgrund, welcher nur mit den Gleitstiefeln überwunden werden kann, welche vom Hirnsauger bewacht werden, auf den ich später noch eingehe. Andere Indizien sind das Boot des Charon, der Fluss Styx und schlussendlich Bongo Bongo.
Dieser wird zwar als Dämon aus den Tiefen der Hölle beschrieben, jedoch gibt es in der griechischen Mythologie auf welche das Ganze augenscheinlich aufbaut) keine echte Hölle, nur den Hades und auch Dämonen waren nicht immer bösartig. Wir müssen uns Bongo Bongo also als Taktgeber der Toten vorstellen, welcher mit seinem Trommelspiel die Toten in die ewige Ruhe begleitet. Vermutlich wurde er aufgrund der vielen Toten während des Krieges wahnsinnig und hielt die Toten nicht länger in der Unterwelt, was zur Versiegelung des Schattentempels und Bongo Bongos in den Brunnen führte.
Der Brunnen:
Dieser war wohl, wie der Tempel, ein Verließ und Folterkeller der Shiekah, gleichzeitig aber auch eine Art alchemistisches Labor. Nachdem der große Krieg vorbei war, wurden auch hier Massengräber angelegt, das Auge der Wahrheit versteckt (wieso bloß? War es zu gefährlich?) und Bongo Bongo eingesperrt. Hier hinderte ihn vermutlich das Wasser am Entkommen oder er war in diesem Verwesungspfuhl am tiefsten Grund des Brunnens. Eins von beidem. Nachdem Link also als Kind das Wasser abgelassen hatte, musste der Brunnen wieder geschlossen werden, aber das Wasser wollte wohl nicht mehr kommen, also entschloss man sich den Brunnen einfach zuzuschütten. Im Gegensatz zum Wasser konnte diese Barriere Bongo Bongo aber nicht allzu lang aufhalten und so konnte er wieder in den Schattentempel entkommen. Wie Bongo Bongo in dem Tempel hineinkam ist fraglich, aber vermutlich öffnete er sich einfach das Tor und Impa schloss es wieder, um den Großteil der Toten im Tempel zu halten.
Die erhöhten untoten Aktivitäten in Kakariko sind also nun auf das Fehlen des beruhigenden Trommelspiels im Totenreich zurückzuführen. Was Bongo Bongo später im Tempel abzieht kann ja schließlich auch nicht wirklich als beruhigend betrachtet werden. Man könnte zwar noch mutmaßen, dass Ganons Schergen ebenfalls im Tempel ihr Unwesen treiben, aber das geht vermutlich schon zu weit. Und wäre langweilig.
Der Hirnsauger:
Recht einfach. Er bewacht Relikte, welche zum Vorrankommen in den Shiekah-Katakomben notwendig sind, ist also somit von eben diesen entweder erschaffen oder beschworen worden. Ein Wesen aus der Unterwelt oder das Ergebnis alchemistischer Experimente.
Das waren meine hoffentlich halbwegs nachvollziehbaren Gedankengänge hierzu.