Für mich sind die drei heiligen Steine, wie Nusma bereits gesagt hat, Schlüssel. Das Tor in der Zitadelle der Zeit öffnet sich schließlich nur unter besonderen Umständen, nämlich wenn alle drei Steine dort sind und die Hymne der Zeit auf der Okarina der Zeit gespielt wird.
Die Tatsache, dass sie den Kokiri, Zora and Goronen anvertraut wurden und die Okarina und das Lied bei den Hylianern, führt denke ich darauf zurück, dass kein Volk alleine die Macht haben sollte in das Heilige Reich einzudringen und sich irgendetwas anzueignen. Und jener, der dann alle drei Steine hat, hat mit relativ großer Wahrscheinlichkeit auch das Einverständnis aller Völker. immerhin ist es Ganondorf nicht gelungen sie zusammenzutragen.
*Ob ich sie als Oberhaupt eines Volkes allerdings unbedingt einem 10-jähringen Knirps anvertrauen würde/sollte, halte ich für ein wenig fragwürdig, auch wenn er bewiesen hat, dass er anderen helfen will und auch dazu fähig ist*