Ich glaube die Sache wird komplizierter gemacht als sie ist. Die Dimensionen hängen nicht davon ab, ob Link lebt oder nicht, sondern ob er anwesend ist oder nicht.
1. Dimension: Erste Gegenwart. Link ist in die Zukunft (Dimension 2) gereist. Da Link nicht anwesend ist, da er nicht in der wirklichen Zukunft, sondern in einer anderen zukünftigen Dimension ist, fällt die Welt unter Ganondorf.
2. Dimension: Zukunft. Welt ist verderbt, Link haut Ganondorf um, und verschwindet dann in der Zeit zurück in die zweite Gegenwart (Dimension 3). Welt ist schließlich gerettet.
3. Dimension: Zweite Gegenwart. Link reist in diese aus der Zukunft und Ganondorf ist futsch. Frieden auf Erden.
So stelle ichs mir zumindest vor.